Senoji Pakalnių bažnyčia (statyta 1906 m.) sudegė 2000 m. Kartu sudegė ir joje buvę vargonai. Klebono Kosto Balsio, parapijiečių ir rėmėjų pastangomis per du metus pastatyta nauja bažnyčia. Naujojoje Pakalnių bažnyčioje grojama 27 registrų „Gloria Eco 221" vargonais.

Iki 2008 m. šioje bažnyčioje vargoninkavo Stanislovas Šakėnas. Dabar čia dirba vargonininkė ir choro vadovė Žydrūna Čižienė.