Kirdeikių Šv. Jono Krikštytojo banyčios vargonus 1939 m. padirbo meistras iš Antalieptės J. Šablinslinskas. Vargonų traktūra mechaninė, oro skirstymo dėžės sklendinės, griežykla iškelta į priekį (vargonininkas sėdi atsigrežęs į altorių). Vargonų prospektas turi neogotikos elementų, vamzdžių imitacijos iš medžio sustatytos su dideliais tarpais.

Kirdeikių Šv. Jono Krikštytojo bažnyčios vargonininkai:
Jonas Gaučys (1919 01 24 - 1997 12 21) 1935 m. baigęs Užpalių progimnaziją, muzi- kos mokėsi pas Užpalių vargonininką S.Daunorą. 1934-1942 m. J.Gaučys vargoninkavo Kirdeikiuose. Šiuo laikotarpiu (nuo 1932 iki 1936) Kirdeikių Šv. Jono Krikštytojo bažnyčioje vargoninkavo ir vadovavo chorui Juozas Mikulėnas (1902 01 20-1952 04 29). Petras Šalkauskas vargoninkavo Kirdeikiuose 1962 -1965 m.
Šiuo metu Kirdeikiuose vargoninkauja, pats derina bei prižiūri instrumentą Raimundas Kaminskas (1967). Gimęs ir augęs Kirdeikiuose, vargonais groja nuo 12 metų. Groti vargonais Raimundą išmokė šviesios atminties, 2006 metais miręs ilgametis Kirdeikių bažnyčios vargonininkas Juozas Kirka iš Mineiškiemio.

Kirdeikių Šv. Jono Krikštytojo bažnyčios choristai su klebonu Jonu Kazlausku (2012 m.)